祁連山1號隧道位于青海省門源縣，全長6.55公里，洞身經過砂巖、板巖及山體斷層破碎帶。隧道內“碎屑流”底層、軟巖極高地應力強擠壓大變形地質和大規模突水突泥突石災害，增加了隧道的修建難度。隧道修建過程中有些大型機械無法使用，工人借助手拉葫蘆、手扳葫蘆、起重滑車等小型起重工具進行作業，確保隧道順利貫通。
祁連山1號隧道的貫通，標志著全線施工難度最大的重點控制性工程取得新突破，為蘭新高鐵竣工通車奠定了基礎。
